Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist tiefgreifend und untrennbar mit dem Fortschritt der Stadt selbst. Im 16. Jahrhundert erlebte Lyon eine Aufschwung des Calvinismus, wobei viele Händler und intellektuelle Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese erste Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Versammlung, die j